Transcriptoma (FFPE)

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Project Description

Análisis de la expresión diferencial del Transcriptoma.

Compatible con muestras obtenidas a partir de FFPE y de orina.

  • Análisis de la expresión diferencial del Transcriptoma Humano sobre los transcritos incluidos en la base de datos RefSeq, a partir de 10ng de ARN total (compatible con muestras obtenidas a partir de FFPE y de orina).
  • Nueva química de secuenciación que soluciona problemas de falsos positivos.
  • Análisis bioinformático: Análisis de la expresión diferencial de genes mediante edgeR y DESeq2.
  • Resultados: se enviará un informe final de los resultados a través de un link de descarga.
  • Tiempo estimado del proceso completo: el plazo de entrega de resultados será entre 15 y 30 días, según el escalado de las muestras

Ion Torrent™ Transcriptome Certified Service Provider

Secuenciación del Transcriptoma completo.

El método de análisis se basa en la creación de ADN complementario (ADNc) para la generación de una biblioteca con objeto de obtener información del transcriptoma a analizar. Al aplicar las tecnologías de NGS al análisis del transcriptoma se ha podido constatar que este es más complejo y dinámico de lo que inicialmente se había descrito, incluyendo una amplia variedad de las moléculas de ARN (ARN cortos, ARN poliadenilados y transcrito no adenilados).

La secuenciación de todo el transcriptoma es el método más completo y rentable para la identificación y cuantificación de ARN a partir de diversos tipos de material de partida. En la actualidad el Ion PI ™ chip -en función de la cobertura de secuenciación deseada- permite el análisis de uno a cuatro transcriptomas completos por chip (asumiendo más de 10 millones de secuencias mapeadas por muestra), gracias a la obtención de entre 60-80 millones de secuencias que permiten la detección de transcripciones de baja abundancia y tipos de ARN raros, entre otras aplicaciones.

Otra aproximación es la utilización de dianas en el estudio del RNA, permitiendo el análisis de cientos de muestras (hasta 384) en un único proceso de secuenciación. Genetracer Biotech ha aprovechado el flujo de trabajo del Ion AmpliseqTM para aplicarlo en el estudio de dianas sobre el ARN. Esta tecnología permite elegir entre más de 20.000 genes específicos mediante una herramienta on-line. En la actualidad también hay disponibles paneles específicos para el cáncer y las vías apoptóticas.  La tecnología del AmpliseqTM junto con el diseño de los primers permite analizar hasta 300 genes seleccionados por el investigador en una única reacción partiendo cantidades mínimas de ARN, a partir de 500 pg.

En conjunto, el análisis de la expresión diferencial de ARN de todo el genoma o de las dianas específicas para objetivos específicos ofrece a los investigadores un mayor conocimiento de las vías biológicas y mecanismos moleculares que regulan el destino celular, el desarrollo y progresión de la enfermedad.

Ejemplo de la Secuenciación del transcriptoma de ratón

86,645,077 Total reads

Bead_density_trnascriptome

wells_beadogram_transcriptome

readLenHisto2_transcriptome

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