Transcriptome (FFPE)

Home/Séquençage/Transcriptome (FFPE)

Project Description

Analyse de l’expression différentielle du Transcriptome.

Compatible avec les échantillons obtenus à partir d’un bloc de tissu inclus en paraffine ou FFPE ou de l’urine.

  • Analyse de l’expression différentielle du Transcriptome sur plus de 20.000 transcrits (RefSeq). À partir de 10ng de ARN total (compatible avec les échantillons obtenus à partir d’un bloc inclus en paraffine ou FFPE et de l’urine).
  • Nouvelle chimie de séquençage Hi-Q pour résoudre les problèmes de faux positifs.
  • Analyses bio-informatique: Analyse de l’expression différentielle de gênes grâce aux softwares edgeR et DESeq2.
  • Le rapport final sera téléchargé en toute sécurité
  • Le temps estimé d’analyse sera de 15 à 30 jours, selon le nombre d’échantillons à analyser.

Ion Torrent™ Transcriptome Certified Service Provider

Analyse du transcriptome complet

La méthode d’analyse est basée sur la création d’un ADN complémentaire (ADNc) pour générer une librairie ou banque génomique, qui nous donne des informations du transcriptome à analyser. L’application des technologies NGS dans l’analyse du transcriptome nous a montré un transcriptome plus complexe et dynamique, y compris une grande variété de molécules d’ARN (ARN court, polyadénylé…).

RNA-Seq se correspond au séquençage massif (NGS) de cDNA au travers de plateformes à haut débit come l’Ion Proton, dont l’objectif final est l’obtention de l’information globale sur le contenu d’ARN d’un échantillon, en incluant les mRNAs, rRNAs, tRNAs et les autres ARNA non codants composés d’une seule cellule ou d’un groupe de cellules. Grâce à l’efficacité, la reproductibilité et au rendement des plateformes de séquençage de nouvelle génération, la technique de RNA-Seq fournit aux chercheurs un moyen efficace de mesurer les niveaux d’expression génique, d’identifier les évènements d’épissage alternatif, d’identifier les évènements de fusion de gènes et d’identifier les SNV de manière simultanée, en même temps que diminue le coût par échantillon.

Le séquençage du transcriptome complet est la méthode la plus complète et rentable pour l’identification et la quantification de l’ARN à partir de différents types de matériau de départ. Actuellement, le système Ion Proton avec sa puce électronique Ion P1 permet -selon la couverture souhaitée- d’analyser d’un à quatre transcriptomes par puce. Cette approche permet de détecter des transcrit de faible abondance.

Une autre approche est l’usage des cibles dans l’étude du ARN, permettant, dans un seul processus de séquençage, d’analyser un grand nombre d’échantillons. Genetracer Biotech réalise l’étude de l’expression différentielle du Transcriptome sur plus de 20.000 transcrits (RefSeq), en utilisant l’Ion AmpliseqTM.

Globalement, l’analyse de l’expression différentielle d’ARN dans tout le génome ou dans les cibles spécifiques permet aux chercheurs de mieux comprendre les mécanismes biologiques et les mécanismes moléculaires qui régulent le destin des cellules, ainsi que le développement et la progression de la maladie

Exemple de séquençage du transcriptome de souris

 

86,645,077 Total reads

Bead_density_trnascriptome

wells_beadogram_transcriptome

readLenHisto2_transcriptome

Project Details

Categories: